1934年，住持智光法师，为发扬焦山教下的优良传统，造就僧才宏护佛法，在寺内海云堂前后左右，创办焦山佛学院，专收青年僧徒，讲授佛教经论和社会常识。至“七七事变”后学僧星散，学院停课。1941年住持雪烦法师恢复学院。焦山佛学院前后约十余年学僧毕业三班。

　　焦山除定慧寺大庙传贤外，还有十几家系传徒的小庵，历代以来，或兴或废，变化无常。

　　1.别峰庵，又名别山庵，创自宋代，在山上西北角，地名别峰（此地在山顶双峰之外，别出一峰，故名别峰），又取华严经经意，因以名庵，宋佛印诗曰：“绝顶无寻处，何人为指南？回头见知识，原在别峰庵。”明万历六年畲姚吕元重建。清乾隆壬午年再建。宗教政策落实以后，随着焦山定慧寺的开放，别峰庵在茗山老法师的领导下也得以修整恢复，面貌一新。

　　别峰庵幽静优雅，放眼远眺，镇江城市山林的美景尽收眼底。方形的四合院，院中有小斋三间，天井中有一个小花坛。花树一株，修竹数竿，据说在清雍正年间时“扬州八怪”之一美称的郑板桥非常喜欢这里环境，把这里选为自己读书作画的地方。在别峰庵读书期间，郑板桥还作过不少诗与画，写过“难得糊涂”等墨宝。更加有趣的是，他在别峰庵读书的第二年就考中了进士。至今在庵内过道的门上仍悬挂着“板桥读书处”匾额，门扉上留有郑板桥当年题写的一副楹联墨宝：“室雅何须大，花香不在多。”

　　2.海云庵：海云庵是焦山上最早建起来的小庵之一，在宋朝的初期就已经创建。宋咸淳间重建，到清乾隆间又一次重建。庵内有宝墨轩、水陆阁等景点。在宝墨轩里过去古人留下的遗墨石刻很多，有明代杨一清、杨继盛、文征明等人的作品。其中杨继盛的一首诗的石刻，观后颇有趣味。这首诗开始题一小注，称“访唐子荆川到此，因名山与已号音相同，喜而赋之”。诗云：“杨子怀人渡扬子，椒山无意和焦山。地灵天杰天然巧，瞬息神游万古间。”这里的唐荆川，即唐顺之，是明代有名的古文字家。而杨继盛也是有名的一个大忠臣，他的别号：“椒山”，同焦山的字音相近，所以写了这首诗，后来又被刻到了石壁上面。不知何时，在这首诗的石刻刻上方又有人题了“忠贤遗墨”四个大字。

　　3.观音阁：旧名观音庵，创自宋代，明代三度重修。清复建。咸丰三年，太平军焚毁。后又重建，抗日战争中又毁，此处江景辽阔，令人心情舒畅。

　　4.海西庵：旧名海峰庵、汉隐庵，在定慧寺西，华严阁东，明弘治二年妙瑛建。正德七年，妙宁重修。庵内有佛香阁、浮玉山房、月波台等景点。清顺治年间焦山公祠移建于海西庵内，嘉庆年间，清代名臣阮元和自己文友王豫商量决定在庵内的佛香阁编纂一部江苏诗人文集，历时二年，终于完成了《江苏诗征》的编纂事宜，成就了一番伟业。后来，佛香阁也就改甸为诗征阁了。庵内还有座枕江阁。传说蒋介石与宋美龄未婚时，曾同来焦山，在枕江阁住了半个月。有名的焦山书藏也设在海西庵内，这里藏书众多，许多名人和学者如康有为、梁鼎芬、阮元、王豫、陈庆年等曾在这里看过书。庵内还藏有许多名人的字画，如明代杨继盛的手卷、端方书写的对联等，也可以看到京江画派名家张夕庵和顾鹤庆等人的作品。只可惜毁于抗战。

　　5.海门庵：在山之东北，创于宋，佛印诗曰：“九派长江会海门，海门开口等闲吞，汪洋万顷吾庵外，一任鱼虾作水浑。”明重建，后废。清乾隆二十六年，移建于山之东南江边，名海神庙，又改海若庵，当时名士王文治书额，沈德潜、郑板桥书联，今已改为花园。

　　6.文殊阁：旧名五圣庵，在文昌阁西。清嘉庆元年建。今改为种苗场。

　　7.自然庵：旧在观音岩右，垒石建成。创于北宋时期。佛印赋诗云：“垒石为庵本自然，此庵成就在先天。庵中人一与天同老，不似蓬莱有坏年。”明代弘治年间，移建于山下文殊阁西边。清代乾隆年间重建。自然庵在焦山和小庵中规模算是最大的一个，而且颇具道家的风趣，“自然问道”曾是焦山十六景之一。庵内和结构比其它小庵精致。内有北极阁，阁前有厅厅的四面都是玻璃窗，通明透亮，郑板桥书写的一副楹联：“山光扑面因新雨，江水回头为晚潮。”就置于其中。清代著名学者阮元也曾留联于此。联云：“从古桑田沧海，自然仙鹤梅花。”厅的四面各有长廊一与其它的房屋相通。东面是黄叶楼，过去这里楼下陈列着许多从石刻上摹拓下来的字画，供游人赏析。楼前有假山石布置的庭园，园内长有墨竹，所以郑板桥《题焦山自然庵墨竹》诗云：“静室焦山十五家，家家有竹有篱笆。画来出低飞腾上，欲向天边扫暮霞“。园外即临江边，长了许多芦苇，春夏之间，郁郁葱葱；入秋以后，朵朵雪白的芦花，萧疏摇摆，又是一番清逸风采。清代诗人李御曾留宿庵中，对这里的清逸雅致印象深刻，所以在他的《宿自然庵》诗中有”到门尘迹少，小圃乐清真。篱豆经秋实，垣衣绣古春“的句子。庵中还藏有不少名贵的字画，如有过朱元璋的画像，比南京明孝陵中的朱元璋的画像要小，但神韵差不多；还有过赵匡胤和一班部将在一起的画像，不过这里赵匡胤被画成了一个矮胖子，不知何据？庵内的和尚也通文墨，擅长诗画，士大夫均乐与之交往。

　　焦山定慧寺始建于东汉兴平年间（194—195，至今1800多年），现任住持心澄大和尚，住众58人。