慈云禅寺座落于淮安市青浦区承德南路7号，原名“慈云庵”，始建于明万历二十年（1592）。清康熙十四年（1675）秋，被顺治皇帝奉为国师的玉琳法师，行脚止于“慈云庵”，八月十日说偈趺坐而逝。康熙颁诏厚葬，重修“慈云庵”并建“法王塔”。康熙二十三年，时任礼部尚书王熙撰《能仁国师塔铭》志之。
    雍正十三年（1735），清世宗下诏按照大丛林式重建，并改名为“慈云禅寺”。乾隆四年（1737）建成。四十五年（1780）与四十九年（1784），乾隆皇帝两次南巡，均入寺瞻礼。咸丰十年（1860）正月，河南捻军占清河县，慈云寺全部焚毁。同治元年（1862），寺住持静修募资重建，历经二十年，至光绪七年（1881），终恢复旧貌。1918年，慈云寺大雄宝殿再次焚与大火。此后由于连年战乱，再加上水旱灾祸，更遭遇日寇入侵，慈云寺从此一蹶不振。
    1986年，在政府支持下，四众弟子共同发心，经过重新修缮，慈云寺恢复开放。
    如今慈云寺殿堂设计如法如仪，宏伟壮观；佛像塑造，艺术精湛。国师殿内，新塑玉琳国师像，形神兼备，栩栩如生。僧寮、客房、斋堂齐备，诚为四众弟子学佛修持的清净道场。